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阿塞拜疆虽然在近年来与亚美尼亚关系很僵，不过它的近代史轨迹和亚美尼亚如出一辙。在俄帝国解体时，曾与亚美尼亚、格鲁吉亚短暂合并为外高加索联邦共和国，联邦解体后又与其他两国一起被苏俄红军拉入到苏联的“大家庭”中，而随着苏联的解体，阿塞拜疆也与亚美尼亚获得独立并大打出手，事实上两国的情报机构关系也是如此，加入苏联前各干个的，入盟后是机构，解体后又成为各为其主的敌对单位。
1917年二月革命造成俄罗斯帝国解体，现今的阿塞拜疆、亚美尼亚、格鲁吉亚三国曾基于帝俄时代高加索总督辖区的行政区划在1918年短暂成立外高加索民主联邦共和国，然民族问题导致联邦很快解体，三个共和国宣告成立。在俄国内战的旋涡中，共和国选择建立亲英政府保境，而情报机构也相应成立，1919年3月28日根据陆军部长和总参谋长签署的第157号命令，总参谋部军需总署内设立情报和反情报部门，不过该部门重点在于军事领域，而苏俄已成立安全系统契卡，4月陆军部长马赫曼达罗夫致议会的信中表示单靠军事手段没有办法解决布尔什维克，6月打击反革命部成立，首任部长马马德巴吉尔在短暂任职两个月后因作为议员需要而主动辞职，他有社会组织经验和战斗经验的弟弟纳吉·贝·谢赫扎曼利接替该职务，他所面对的敌人除了苏俄，还有亚美尼亚人和白军等。
1920年4月苏俄为了控制阿塞拜疆的石油跨过国境，在阿塞拜疆工人组织的里应外合下共和国自行解散，阿塞拜疆苏维埃社会主义共和国成立，成立短短数月的首个短命情报机构打击反革命部也就此结束，而它则被5月12日成立的更强大的阿塞拜疆契卡所替代。第十一军反间谍部负责人谢苗·潘克拉托夫成为阿契卡第一任主席，此人是哥萨克人，在帝俄时期就从事情报工作，到达阿国后开始根据名单对前政府人员进行肉体消灭，处决不进行任何调查或审判，打击反革命部首任领导马马德巴吉尔便在这一时期遭处决，虽然当年6月他便被阿苏维埃政府指派的本地人巴巴阿利耶夫替换，但是实权掌握在听命于莫斯科的潘克拉托夫，不久阿塞拜疆便爆发起义，结果遭到的是更残酷的，1.2万人被捕，4000人被杀。
潘克拉托夫身份较为神秘，其生卒不详，只能从零星的文件签名见到，官方编制文件并没有他，至于巴巴阿利耶夫则在任没多久便于四个月后升任政府领导职务，他的继任者艾尤布·汗布达戈夫也任职仅四个月就被阿苏维埃主席纳里曼·纳里曼诺夫推荐为第二书记，是因为分为以纳里曼诺夫为首的民族派与国际派发生斗争，而汗布达戈夫就属于国际派，所以纳里曼诺夫以此办法控制安全系统。1921年5月米尔-贾法尔·巴吉罗夫成为阿契卡第四任主席，此人积极对纳里曼诺夫造成威胁的人，监狱环境恶劣充满积水，以至于淹死过囚犯，被捕者还会被绑上石头丢入里海，而在此期间他还与其副手贝利亚结为友谊，俄国内战结束后巴吉罗夫的残暴行为曾被暂停职务由贝利亚代理几个月。
1922年阿、亚、格合并为外高加索社会主义联邦苏维埃共和国（1936年解散），具有民族主义思想的纳里曼诺夫对此态度消极并在次年与外高加索书记谢尔戈·奥尔忠尼启则发生冲突，于是被赶出高加索到莫斯科任职。对于纳里曼诺夫的失势，巴吉罗夫立马撇清与前者的关系，并投靠到纳里曼诺夫政敌汗布达戈夫，不过巴吉罗夫在发现汗布达戈夫逐步在党内被孤立后，他也逐渐疏远了后者，正是巴吉罗夫这种见风使舵的行为使得他能长期立于不倒之中，契卡更名为格别乌后，巴吉罗夫也能一直担任阿安全机构领导人（三国格别乌听命于外高加索格别乌但具有独立性），而在岗位上他也遵从上级指示严厉打击阿民族主义者，“自由”、“突厥青年组织”等地下团体还未成势便被他扼杀在摇篮里，然而存在违背法律规定的行为而于1927年5月调任外高加索水利部部长、农业合作社主席。
1927年接替巴吉罗夫的是诺夫鲁兹·里扎耶夫，里扎耶夫任职期间积极消除巴吉罗夫时期的不良影响，这无疑得罪了后者，为里扎耶夫的命运埋下伏笔。不过里扎耶夫本身也存在违反相关规定的行为，1927年里扎耶夫与几名醉酒工人发生争执，他的手下立马逮捕这些人并未经审判处决其中一人，该案一直被掩盖，不过消息还是泄露到莫斯科，于是在1929年以调任经济部门的方式低调处理，而巴吉罗夫再次成为阿塞拜疆格别乌负责人，巴吉洛夫能官复原职的原因主要在于斯大林看重他是一个狠人，莫斯科对此次人事任命持谨慎态度，可斯大林认为他是唯一能打击阿塞拜疆民族主义分子的人，于是党内会议在警告巴吉洛夫务必尊法行事后同意了这一任命，事实上斯大林对他的任用不只是为了打击民族主义分子，而是为了搞更大的工程——农业集体化。
1930年斯大林开始推动全面集体化，农民被强迫加入集体农庄，并根据任务配额被粮食，然而有时候产量根本难以达到任务指标，于是强迫农民把为数不多的粮食夺走，这引发人们的不满。一些农民开始组成武装反抗当局，于是阿国格别乌在1930年1月开始了由两个团组成的军事单位参与的行动，这些部队杀伐果断，有一次他们直接炮平一村，36人死亡，大部分是妇女儿童，此事引起高层调查，高层发现在所杀之人中14名为儿童且其中9名在2-6岁之间，另有4名婴儿被绑在母亲尸体上因饥饿和寒冷而死，在对行刑现场进行全方位检查时，又在火灾的残留物中发现了 5 具尸体，这中间还包括 3 名儿童，此事被苏联格别乌描述为丑陋和毫无意义的暴行。此事导致巴吉罗夫被撤职并安排教育，不过他很合斯大林胃口而在1932年、33年成为阿塞拜疆人民委员会主席、。
巴吉罗夫的接替者米哈伊尔·弗里诺夫斯基继续积极努力配合集体化，因此荣获三枚勋章，并在1933年4月成为苏联格别乌边防卫队司令参与颠覆我国西北疆界的活动，1934年格别乌改制为内务部后不久便发生大清洗，弗里诺夫斯基因1936年大清洗首位执行者内务部主席亚戈达的倒台受益。弗里诺夫斯基与亚戈达关系很差，但与亚戈达的继任者叶诺夫关系很好，他也因此被提拔为内务部副主席并主审亚戈达，除此之外还和叶诺夫一起为斯大林列出了4.4万人的逮捕名单，其中3.9万人将被处决。就在这位前阿塞拜疆安全机构负责人在全苏大杀特杀时，针对阿塞拜疆的清洗也悄然开始，负责人是已成为阿塞拜疆人民委员会主席的巴吉罗夫，而执行者则是时任阿塞拜疆内务部主席尤维利安·松巴托夫。
1937年2月苏共中央委员会全员会议召开，斯大林重申了他关于“在社会主义建设中阶级斗争将激化”的理论，而参会的巴吉罗夫很快将这一思想付诸实践。1937年在阿塞拜疆被以政治罪判处死刑的就有 2792 人，巴吉罗夫依仗斯大林、贝利亚作为后台排除异己，这些被捕人员包括22名人民委员、49名区委书记、29名区执行委员会主席，而他也奇迹般的成为大清洗时代中一直稳坐加盟国位置，其他加盟国的党领导均在清洗中受冲击，在巨大的恐慌下，相互揭发成为常态，以至于存在被告和原告都被逮捕的情况，就算没有举报内务部也会根据自身的需求制造案件，被捕的人不认罪就进行刑讯逼供，巴吉罗夫表示“变供或拒认那就说明他们受的打还不够”，阿内务部大楼充斥着尖叫声，有人甚至看到松巴托夫亲自殴打犯人，可见从下到上都在积极执行最高首脑的指示。
阿塞拜疆在大清洗中的受害者人数不确定，根据俄联邦安全局的公开档案显示1937-1938年内务部在阿逮捕人数不到3万人，但其他口径认为受害者约为7-12万人，不过阿内务部除了逮捕别人，也喜欢把自己的领导们送走。阿安全机构第二任首脑巴巴阿利耶夫在1937年1月被处决，几个月后第三任首脑汗布达戈夫紧随其后，松巴托夫的前任谢尔盖耶维奇则在1938年被处决，而此前得罪巴吉罗夫的里扎耶夫自然逃不过死神，1937年10月他被捕入狱，在狱中他毅然谴责斯大林对民族主义者的陷害，可他是愣是挺过大清洗在1939年被无罪释放，但他怎么可能会被轻易放过，1941年里扎耶夫被伪造证件的罪名处决，至于首任首脑潘克拉托夫在官方档案中并无资料，所以不知生死，可从同僚的遭遇来看估计也好不到哪里去。
也就是说截止到1938年，当过阿安全机构首脑的8个人中，除了首任领导不知去向外，已有4人被自己驾驭过的烈马给踏死，不过随着大清洗的即将结束，开始需要人来做替罪羊了。首当其冲的是苏联第一刽子手叶诺夫，1938年被捕并在1940年处决，作为他副手的弗里诺夫斯基也在几乎同一时间被处决，不过阿塞拜疆内务部的替罪羊则是松巴托夫的继任者卡明斯基，此人在1938年1月上任后也热情参加活动，后在1939年被处决，至于松巴托夫本人以及阿巴吉罗夫不仅未受影响反而官运亨通，前者成为苏维埃代表，后者则坐稳他的椅子，我们只需要看到松巴托夫与斯大林和贝利亚（叶诺夫接替者）都是格鲁吉亚出身便可猜个大概，巴吉罗夫则是政治上符合斯大林且与贝利亚私交甚好，一场轰轰烈烈的大清洗就这样收场。
巴吉罗夫给斯大林发的密电，请求批准“扣押 4,000 人：1,800 名富农和 2,200 名罪犯”
第二次世界大战前后，苏联内务部曾被拆分为三个部门，后来斯大林死亡后贝利亚为提高政治资本再次将相关职能合并到内务部，阿塞拜疆内务部也进行相应调整，然而这个庞大机构还未来得及运行时，贝利亚倒台，而在大清洗中获益的那群人也被清算。稳坐位置长达20年的巴吉罗夫在1953年被立马解职受审，1956年被以“参加叛国集团和对苏联公民实施报复行为”的罪名处决，松巴托夫则在审讯中被诊断有“精神病”丢进精神病院并于1960年死亡，叶梅利亚诺夫、雅库博夫、阿塔基什耶夫等1953年前的所有阿内务部历任主席均被判处25年监禁，令人闻风丧胆的内务部也就此走入历史，根据目前阿塞拜疆安全系统的统计，1920-1950 年代苏联处决了40万阿人，50万阿塞拜疆人被流放出国。内务部虽然消失了，但替代它的则是著名的克格勃（国家安全委员会）。
冷战期间阿塞拜疆克格勃的表现不得而知，但是该机构出了个大人物，那便是未来把控该国政坛的盖达尔·阿利耶夫。1950年27岁的阿利耶夫任克格勃巴库州副主任，当时土耳其经常派遣间谍在阿塞拜疆刺探，期间阿利耶夫成功的利用双面间谍探查出数十名土耳其间谍，由于年轻干练，1960年成为阿克格勃反间谍部部长，1967年成为阿克格勃主席，而他此前的直属上司即前任阿克格勃主席谢苗·库兹米奇·茨维贡此时已是苏联克格勃副主席，且又与勃列日涅夫是联襟，在此人物的推荐下，阿利耶夫这个不为阿塞拜疆人民所知的人在1969年一跃成为，而他打响自己招牌的手段便是从反腐着手，利用克格勃他逮捕多人，在他上任的最初五年，三分之二的部长、10 名中央委员会主席团成员中的 8 名以及 45 名区委书记中的 37 名被替换，1975年更是判死五名涉嫌贪腐的厂长和场长。
然而如此大阵仗的打虎运动并没改变阿塞拜疆的腐败事实，那些涉贪被抓而空缺的职务很快被阿利耶夫的亲信们填补，在阿利耶夫的苦心经营下，七八十年代的阿塞拜疆形成了副部级以上是阿利耶夫亲信、副部级以下靠贿赂的局面。如此腐败未能出乱子得益于经济稳步的增长，勃列日涅夫曾三次到访巴库，每次阿利耶夫都会慷慨地向他献殷勤，一次更是送他价值 226,000 卢布的宝石戒指，被哄乐的最高领袖于是大笔投资阿国，这个人口仅占苏联2.5%的加盟国于是生产出苏联70%的油、1/3的酒制品、全部家用空调等，20 世纪 70 年代和 80 年代上半叶，由于阿塞拜疆新工业公司的投产和新机器设备的购置速度比整个苏联都要快，因此这里的固定资本也比苏联增加得更快，其雇员人均固定资产投资在1980年为1.95万卢布，远超苏联的1.33万卢布。
苏联领导层再次发生人事变动。阿利耶夫的前上司茨维贡之所以能成为苏联克格勃副主席的原因除了与勃列日涅夫的私人关系外，还在于帮勃列日涅夫监视克格勃主席尤里·安德罗波夫，可1982年1月安德罗波夫向苏共第二书记苏斯洛夫透露茨维贡包庇勃列日涅夫子女贪腐的情况，苏斯洛夫转而警告要将茨维贡开除党籍，身患重病的茨维贡在惊恐中开枪自杀，六天后苏斯洛夫也因病逝世，安德洛夫接替了第二书记的职务，十个月后勃列日涅夫也撒手人寰，安德罗波夫成为新任党和国家领导人，不过阿利耶夫并未受老上司的问题所影响，他与安德罗波夫的良好关系使得他顺利进入政治局。然而好景不长，两年后安德罗波夫及继任者契尔年科相继逝世，戈尔巴乔夫上台，1987年阿利耶夫因反对戈氏的改革解职。
就在阿利耶夫解职的次年，与他步调一致的时任阿塞拜疆克格勃主席齐亚·尤素夫扎德被调离他职，然而来自俄国的接替者伊万·戈列洛夫斯基并不了解当地情况且对事态发展进行放任状态，于是在改革背景下被民族主义裹挟的阿族与亚族的冲突愈演愈烈，戈列洛夫斯基任职仅一年就离开。1989年8月原巴库市委书记瓦吉夫·胡赛诺夫担任阿克格勃主席，他上任后发布第0171号秘密命令成立危机行动组打击阿民族主义分子，1990年1月因纳卡归属问题，阿塞拜疆爆发针对亚美尼亚人的屠杀，反对派阿塞拜疆人民阵线对阿苏维埃政权构成威胁，于是苏军入城镇暴，一百余人死亡，此事加速了阿塞拜疆对苏联的离心力，而此前下台的阿利耶夫立马谴责苏共领导层并决定强势回归，虽然阿苏维埃要求他离开巴库，但成功当选阿塞拜疆的纳希切万自治共和国最高苏维埃代表（次年成为主席）。
1991年八一九事变后，时任阿亚兹·穆塔利博夫瞬间变成“民主人士”，并把一切流血责任归咎于克格勃等执法机构，在反对派的压力下胡赛诺夫被解职，感到会被清算的他在苏联解体后移民俄国，果不其然在1996年他便被阿缺席审判称是1月件的负责人之一，好在俄国拒绝遣返他，当然这是后话了，苏联彻底解体前一个月阿塞拜疆国家安全部成立，克格勃走入历史。第一次纳卡战争中阿塞拜疆军队遭遇惨败，1993年阿政府将失败的责任归咎于军队时引发叛乱，这场危机最大的受益者便是阿利耶夫，他充当双方调解人而逐步纂取政治权益，再加上他在苏联时期对阿长期执政的声望，阿利耶夫成为和国新一任总统，次年时任总理侯赛诺夫发动一场未遂政变，阿利耶夫逮捕多人，时任国安部部长伊姆拉诺夫被以叛国罪逮捕，自此阿利耶夫完成对整个国家的掌控。
由于阿塞拜疆共和国至今依然由阿利耶夫家族统治，因此安全系统的人事方面也较为稳定，1994-2015年改制时一共只换过一个负责人。进入21世纪，阿国安部的主要任务是打击经济安全与腐败、贩毒和走私、偷渡客和人口贩运、网络犯罪等犯罪活动，安全部对犯罪集团的最大一次行动发生在2005年，当时阿塞拜疆国际银行哈季耶夫的妻子扎米拉被一犯罪团伙绑架，该团伙已存在10多年，期间犯下了17起绑架案和12起谋杀案及收受了超过4.5亿美元的赎金，团伙头目为内务部中校哈吉·马马多夫，然而这次他们绑架的人影响巨大，所以很快被国安部逮捕，2017年马马多夫在监狱自杀。对付这种犯罪团伙，对于国家暴力机关来说并不算得上什么，国安部面临的更复杂的敌人是，然而阿塞拜疆善于利用其特殊的地理政治学地位左右逢源获取资源。
阿国安部的合作者来自各方。为了获取中亚的石油资源，以色列和土耳其这两个仇人居然共同成为阿国安部的合作者，根据中情局的资料显示早在90年代以色列和土耳其就向阿塞拜疆政府提供了武器和免费的情报培训，这为后来阿击败亚美尼亚奠定了基础；为了打击美国也是合作伙伴，1999年，克林顿向阿利耶夫致函感谢，感谢美国和阿塞拜疆情报机构成功阻止了美国驻巴库大使馆的爆炸，在21世纪阿安全机构成功破获多起与基地组织有关的恐怖活动，2012年阿国安部挫败了一系列针对欧洲歌唱大赛的预谋，逮捕了40多人，部分人曾与北约军队交战过，除此之外一些成员还受伊朗训练，虽然阿与伊朗都是世界，但后者存在阿塞拜疆民族的分离主义势力，且阿是与伊朗不同的世俗国家，因此互为敌对，因此阿塞拜疆成为了西方的合作伙伴。
与普京一样，阿利耶夫家族利用安全系统打击反对派，然而依靠与西方的良好关系，这些瑕疵并未受到制裁，国安部部长埃尔达尔·马哈茂多夫对阿利耶夫家族的鼎力相助让他在2004-2015年长期任职，而他也依靠手中的权力变富豪，其本人及家属名下在国外拥有多家公司。2015年9月马哈茂多夫最小的女儿嫁给了时任总统伊尔哈姆·阿利耶夫（老阿利耶夫2003年已故）的堂侄，然仅仅一个月后，马哈茂多夫本人及在政府工作的亲属被免职，250名下属也被解雇，关于他为什么被免职人们认为与贪腐有关，在当前国家预算严重赤字的背景下阿利耶夫需要这笔钱，马哈茂多夫将钱吐出换取无需坐牢，这简直就像和珅一样“养肥了再杀”。马哈茂多夫下台后，国安部也被拆分成国安局和对外情报局，而他们接下来要面对的是同样克格勃出身的亚美尼报部门。
阿、亚两国的间谍斗法方式多样，最传统的还是人肉间谍，早在2015年之前双方就在对方领土上布置间谍，一些案例显示阿通过发展亚驻格外交人员成为线人，或者把伊朗阿塞拜疆族发展为线人，这些特工钉在亚的政府部门，然而亚反间谍措施较好导致多人被捕，反观阿塞拜疆这边抓到的亚国间谍仅为记者等低价值目标且数量较少。数字战也成为双方斗法的手段，2020年10月，在阿塞拜疆总统呼吁动员预备役士兵几天后，亚国黑客利用嵌入恶意代码的关于动员令的虚假文件为诱饵发送给阿国官员，一旦点开黑客就获得对计算机的持久访问权限，阿国也用间谍软件对付亚国，战争期间至少 12 名亚美尼亚记者、政界人士和民间社会成员的手机被Pegasus软件入侵，透过该软件可以远程控制手机，Pegasus 是以色列 的一款间谍软件，该软件被阿塞拜疆大范围的使用在监视反对派。
暗战中双方的具体表现如何就不得而知，但是我们大家可以从一些明面的活看到阿塞拜疆国安局和对外情报局的工作性质。国安局主要对内，曾有阿塞拜疆人发布反战言论随即被国安局逮捕，而对外情报局除了情报工作外更是有活跃在一线世纪中叶被认为是阿塞拜疆的政治和文化中心，然而在1992年被纳卡的亚美尼亚人一直占领，为了夺回该城市，2020年11月8日阿军发动舒沙战役，在开战前的12个小时，对外情报局的“蝙蝠”特种部队假扮亚军，从悬崖峭壁直插亚军后方切断补给，数千亚军陷入一片恐慌，“蝙蝠”部队和其他军种的400名特种部队攻入城内，担任该地亚军指挥官的前亚美尼亚国安局长阿尔吉什蒂·基亚拉米扬溜之大吉，最终阿军以阵亡三百多人的代价，仅用两天时间便打死千余亚军并攻占舒沙，两天后亚美尼亚被迫签署和平协议。
